مرحوم آخوند معنا و دلیل اشتراط بقای موضوع را بیان کردند و در مرحله سوم ملاک بقای موضوع را بیان کرده‌اند. ایشان ابتداء ثمره بین احتمالات را بیان کردند و گفتند اگر ملاک بقای موضوع، نظر عقل باشد استصحاب موضوعا مختص به شبهات موضوعیه می‌شود و در شبهات حکمیه موضوع پیدا نخواهد کرد.
البته منظور ایشان این نیست که در شبهات موضوعیه همه جا استصحاب جاری است بلکه منظورشان این است که استصحاب در شبهات حکمیه جاری نمی‌شود و فقط در شبهات موضوعیه جاری می‌شود اما جریان در شبهات موضوعیه هم در جایی است که موضوع از نظر عقل باقی باشد پس استصحاب کریت با کم شدن مقدار آب، جاری نیست.
در مقابل مرحوم شیخ فرموده بودند اگر ملاک بقای موضوع، نظر عقل باشد استصحاب به موارد شک در رافع مختص می‌شود. مرحوم آقای خویی گفتند چون این بخش از کلام مرحوم شیخ مبهم است و معلوم نیست شیخ این اشکال را به چه جهتی مطرح کردند چون خود ایشان معتقدند استصحاب فقط در موارد شک در رافع جاری است مرحوم نایینی گفتند منظور ایشان از شک در رافع، در مقابل شک در مانع است و این غیر از شک در رافع در مقابل شک در مقتضی است. منظور از رافع در اینجا یعنی چیزی محقق شود و بعد از وجود چیزی آن را معدوم کند اما منظور از مانع آن چیزی است که از ابتداء مانع تاثیر مقتضی است. بنابراین منظور شیخ از رافع در اینجا در مقابل دافع و مانع است نه اینکه مانع را هم شامل بشود و در نتیجه رافع در مقابل مانع اخص از رافع در مقابل مقتضی است و آنچه مختار شیخ است جریان استصحاب در موارد شک در رافع در مقابل مقتضی است و آنچه اینجا فرموده‌اند اختصاص استصحاب به موارد شک در رافع در مقابل مانع است.
مرحوم آقای خویی فرموده‌اند این بیان مرحوم نایینی نمی‌تواند مشکل را حل کند و اگر ما ملاک بقای موضوع را نظر عقل بدانیم استصحاب در شبهات حکمیه جاری نخواهد بود و بین موارد شک در رافع و غیر آن تفصیلی نیست.
ما گفتیم منظور مرحوم شیخ در اینجا این است که اگر ملاک بقای موضوع را نظر عقل بدانیم استصحاب موضوعا به موارد شک در رافع اختصاص پیدا می‌کند در حالی که آنچه مرحوم شیخ در بحث استصحاب پذیرفته‌اند اختصاص ادله حجیت استصحاب به موارد شک در رافع است و گرنه استصحاب از نظر موضوعی هم در موارد شک در مقتضی قابل تصور است و هم در موارد شک در رافع قابل تصور است و در هر دو مورد بقاء صدق می‌کند اما ادله حجیت استصحاب فقط در موارد شک در رافع به بقاء و استمرار حکم کرده‌اند چون نقض فقط در این موارد صادق است.
در هر صورت مرحوم آخوند فرمودند اگر ملاک بقای موضوع، نظر عقل باشد در موارد شبهات حکمیه استصحاب موضوع ندارد. اما اگر ملاک بقای موضوع، لسان دلیل باشد باید لسان دلیل را ببینیم اگر موضوع حکم (موضوع در مقابل شرط و ...) باقی است استصحاب جاری است ولی اگر موضوع باقی نیست استصحاب جاری نیست. بنابراین اگر شارع گفته باشد «الماء اذا تغیر نجس» در اینجا موضوع «الماء» است و بعد از زوال تغیر دلیل دال بر نجاست آب نیست اما استصحاب جاری است چون موضوعی که در لسان دلیل اخذ شده است باقی است. اما اگر گفت «الماء المتغیر نجس» موضوع «الماء المتغیر» است و بعد از زوال تغیر موضوعی که در لسان دلیل آمده است باقی نیست و لذا استصحاب جاری نیست.
اما اگر ملاک بقای موضوع، نظر عرف باشد در این صورت آنچه مهم است بقاء به نظر عرف است.
مرحوم نایینی در توضیح اصل این مطلب فرموده‌اند ممکن است اشکال شود که عقل قابلیت تشخیص موضوع احکام شرعی را ندارد تا معیار در بقای موضوع، نظر عقلی باشد. عقل فقط می‌تواند بر اساس بیان شارع، موضوعات احکام را تشخیص بدهد پس اصلا معنا ندارد ملاک بقای موضوع نظر عقل باشد. عرف نیز نمی‌تواند جدای از بیان شارع، موضوع احکام را تشخیص بدهد. پس باید منظور این باشد که مهم بقای موضوع به حسب آنچه از دلیل استفاده می‌شود است در این صورت اگر منظور نظر تسامحی عرف است یعنی در بقای موضوع دلیل شرعی، نظر تسامحی عرف معیار است حرف اشتباهی است چون مسامحات عرفی در تطبیق مفهوم بر مصداق اعتباری ندارد. بنابراین متعینا باید گفت معیار در بقای موضوع آن چیزی است که از لسان دلیل فهمیده می‌شود. آنچه عرف از لسان دلیل می‌فهمد و در مقام تطبیق نظر عقل مهم است. پس اصلا تردید بین اینکه معیار بقای موضوع به نظر عقل است یا عرف یا لسان دلیل جا ندارد و بی معنا ست.
هم چنین ممکن است اشکال شود اگر عرف موضوع را تشخیص داد و بقای آن را تشخیص داد جایی برای استصحاب باقی نمی‌ماند.
مرحوم آخوند در حقیقت برای دفع این شبهه فرموده‌اند آنچه گفته می‌شود معیار در بقای موضوع نظر عرف است منافاتی ندارد که موضوع از نظر عرف محقق باشد و باقی باشد اما حکم محقق نباشد. به تعبیر دیگر بحث ما در آن موضوعی است که از دلیل استصحاب فهمیدیم باید باقی باشد. منافاتی ندارد که موضوع به حسب دلیل حجیت استصحاب باقی باشد اما موضوع به حسب لسان حکم واقعی محقق نباشد.
بنابراین ممکن است موضوع به حسب دلیل حجیت استصحاب و مناسبات حکم و موضوع و فهم عرفی و ارتکازات آن چیزی باشد و بقای آن معلوم باشد اما همان معلوم نباشد همان موضوع حکم واقعی است و گرنه اگر معلوم شود همان موضوع حکم واقعی است از موارد الغای خصوصیت است.
مثلا از «الماء المتغیر نجس» فهمیده می‌شود که در هنگام تغیر آب نجس است و از آن فهمیده نمی‌شود که آبی که تغیر آن زائل شده است هم نجس است و گرنه اگر عرف از این دلیل نجاست آب بعد از زوال تغیر را هم بفهمد از موارد الغای خصوصیت خواهد بود. پس در جایی که از دلیل الغای خصوصیت فهمیده نشده است عرف می‌گوید در اینجا اگر بعد از زوال تغیر هم آب نجس باشد بقای همان حکم سابق است. بنابراین موضوع از نظر عرف در دلیل حکم واقعی «الماء المتغیر نجس» آب متغیر است و این موضوع بعد از زوال تغیر ثابت نیست اما عرف می‌گوید اگر این نجاستی که در زمان تغیر هست بعد از زوال تغیر هم باشد استمرار و بقای نجاست است. پس موضوع به حسب آنچه عرف به حسب دلیل حجیت استصحاب می‌بیند باقی است اما بقاء آن به نظر آنچه عرف به حسب دلیل حکم واقعی می‌بیند معلوم نیست.
