بحث در تقریر ورود امارات بر استصحاب مطابق بیان مرحوم آخوند بود. ایشان معتقدند با وجود امارات، حقیقتا موردی برای استصحاب باقی نمی‌ماند. درست که با وجود اماره، شک حقیقتا منتفی نمی‌شود. اما موضوع دلیل استصحاب مطلق یقین و شک نیست بلکه آنچه مورد دلیل استصحاب است نقض یقین به شک است. اگر مفاد دلیل استصحاب مفاد سایر اصول عملیه بود که موضوع آنها مطلق شک بود و گفته شده بود هر کجا یقین سابق و شک باشد به بقای یقین سابق حکم می‌شود دلیل اماره وارد بر استصحاب نبود. اگر مفاد دلیل استصحاب «من کان علی یقین فشک فلیمض علی یقینه» بود دلیل اماره وارد بر استصحاب نبود. اما لسان دلیل استصحاب با لسان سایر اصول عملیه متفاوت است (هر چند مرحوم آخوند امارات را بر همه اصول عملیه وارد می‌دانند اما بیان ایشان در ورود امارات بر استصحاب با بیان ایشان در ورود امارات بر سایر اصول عملیه متفاوت است همان طور که خودشان در حاشیه بر رسائل هم به این مطلب تصریح کرده‌اند و عدم تفکیک بین این دو بیان باعث شده است اشکالات متعددی به مرحوم آخوند ایراد کنند که وارد نیستند.)

این بیان فقط در ورود امارات بر استصحاب است و در سایر اصول عملیه جاری نیست و لذا با این بیان نمی‌توان گفت اماره بر مثل «کل شیء حلال حتی تعلم انه حرام» وارد است و ...
دلیل بر حجیت اماره، شامل اماره بر خلاف یقین سابق هم می‌شود و لذا در مواردی که اماره بر خلاف یقین سابق است، رفع ید از یقین سابق، نقض یقین به شک نیست بلکه نقض یقین به اماره معتبر است و آنچه در دلیل استصحاب نهی شده بود نقض یقین به شک بود حتی نقض یقین با شک هم در دلیل استصحاب نیامده است تا گفته شود در مورد قیام اماره بر خلاف حالت سابق، نقض یقین با شک صدق می‌کند. آنچه موضوع دلیل استصحاب است نقض یقین به شک است. معنای شک همان عدم علم است (مرحوم آخوند نمی‌خواهد بگوید معنای شک عدم حجت و ... است) و در موارد قیام اماره بر خلاف حالت سابق آنچه ناقض یقین سابق است حجت است نه شک. درست است که در مورد قیام اماره، شک هم وجود دارد اما شکی که وجود دارد ناقض یقین سابق نیست بلکه سبب نقض یقین سابق اماره و حجت است نه شک لذا درست است که گفته شود به سبب شک از یقین سابق رفع ید نشد بلکه به سبب اماره و حجت از یقین سابق رفع ید شد. آنچه باعث می‌شود مکلف از یقین سابق رفع ید کند شک او نیست بلکه حجیت و اعتبار اماره است.

بعضی مثل مرحوم آقای خویی به آخوند اشکال کرده‌اند که با این بیان حتی در موارد قیام اماره غیر معتبر هم استصحاب نباید جاری باشد. (البته در بیان ایشان به تقاضای مومن مثال زده‌اند که ما آن را اصلاح کردیم و به اماره غیر معتبر مثال زدیم). مثلا شهرت که اماره غیر معتبر است چنانچه مکلف بخواهد به سبب قیام شهرت یقین سابق را نقض کند در این صورت نقض یقین به شک نیست بلکه به شهرت است.

جواب این اشکال هم روشن است چون خود شهرت که اعتباری ندارد و لذا در مواردشهرت چیزی جز شک نیست پس رفع ید از یقین سابق به سبب شهرت غیر معتبر، چیزی جز رفع ید از یقین سابق به شک نیست. و هم چنین درخواست مومن.

به عبارت دیگر وقتی شهرت اعتبار نداشته باشد نقض یقین به شک صادق است بر خلاف جایی که اماره معتبر باشد. در این موارد هم شک وجود دارد و هم اعتبار اماره و آنچه سبب نقض یقین سابق است شک نیست بلکه اعتبار اماره است و لذا نقض یقین به شک صدق نمی‌کند. اما در موارد عدم اعتبار اماره فقط شک وجود دارد و سبب نقض یقین همان شک خواهد بود که منهی دلیل استصحاب است.

آخوند در حاشیه رسائل اشکالی مطرح کرده‌اند که اگر گفته شود رفع ید از یقین سابق به خاطر اماره، نقض یقین به شک نیست بلکه نقض یقین به اماره است بر فرض حجیت اماره در فرض جریان استصحاب است و این محل بحث است. اصل بحث در این است که در فرض جریان استصحاب مجرای اماره است یا استصحاب؟

ایشان جواب داده‌اند که دلیل حجیت اماره عام است و شامل فرض جریان استصحاب هم می‌شود و لذا مقتضی حجیت اماره در فرض جریان استصحاب تمام است و اگر قرار باشد در فرض جریان استصحاب، اماره حجت نباشد باید بر اساس تخصیص باشد. و هیچ دلیلی برای تخصیص وجود ندارد مگر خود دلیل حجیت استصحاب (یا سایر اصول عملیه) و مخصص بودن دلیل حجیت استصحاب برای دلیل حجیت اماره مستلزم دور است و لذا دلیل استصحاب نمی‌تواند مخصص دلیل حجیت اماره باشد. بیان مطلب: دلیل حجیت استصحاب در صورتی می‌تواند مخصص عموم دلیل حجیت اماره باشد که معتبر باشد و دلیل استصحاب وقتی معتبر است که دلیل اماره را تخصیص بزند (چون اگر دلیل اماره را تخصیص نزند مورود دلیل اماره است). پس مخصص بودن دلیل استصحاب متوقف است بر مخصص بودن دلیل استصحاب و این دور واضح است. بنابراین عموم دلیل حجیت اماره بدون مخصص است و شامل موارد جریان استصحاب هم می‌شود و در این صورت نقض یقین سابق با اماره، نقض یقین به شک نیست بله با اماره شک وجود دارد اما آن شک سبب نقض یقین نیست بلکه اماره است که ناقض یقین است. (دقت کنید که مرحوم آخوند نگفتند شک به معنای عدم حجت است بلکه شک به معنای همان عدم علم است و لذا با قیام اماره هنوز هم شک وجود دارد اما آن شک سبب نقض یقین نیست)