بحث به فرض شک رسیده بود یعنی اگر در مفهوم حیات و مرگ که موضوع احکام شارع است شک کنیم و به تبع در صدق حیات و مرگ در موارد حیات نباتی یا مرگ مغزی شک داشته باشیم مقتضای اصل عملی چیست؟ گفتیم استصحاب در شبهه مفهومیه جاری نیست و لذا نمی‌توان حیات را استصحاب کرد. جریان استصحاب حکمی در این موارد هم در بین علماء اصول محل اختلاف است. آیا در این فرض می‌توان ملکیت یا طهارت را استصحاب کرد؟ مثلا گفته شود این شخص قبل از اینکه به این مرحله مبتلا شود، مالک بود و ملکیت او استصحاب می‌شود. مرحوم آقای خویی در این موارد جریان استصحاب را قبول ندارند. مثلا در موارد شک در بقای روز بعد از استتار قرص، علاوه که استصحاب بقای روز جاری نیست (چون استصحاب در شبهه مفهومیه است) و نه استصحاب وجوب امساک جاری است نه از این باب که این استصحاب جاری در شبهات حکمیه است که ایشان در شبهات حکمیه استصحاب را جاری نمی‌دانند بلکه چون شرط جریان استصحاب، بقای موضوع است و با فرض شک در موضوع به نحو شبهه مفهومیه، شرط جریان استصحاب محقق نیست. استصحاب حکم روز (وجوب امساک) فرع احراز روز است. اگر وجود روز محرز باشد و در بقای حکم آن شک کنیم، استصحاب حکم جاری است اما اگر در اصل بقای موضوع شک داشته باشیم، استصحاب حکم هم جاری نخواهد بود.
در مقابل نظر دیگری وجود دارد که استصحاب حکم در این موارد را جاری می‌داند و به نظر ما هم قول حق همین است چون در بحث استصحاب گفته‌ایم که شرط جریان استصحاب بقای موضوع به نظر عرف است نه دلیل و به تفصیل توضیح داده‌ایم که منظور از بقای عرفی موضوع یعنی اگر حکم باشد از نظر عرف استمرار همان حکم سابق باشد و اگر حکم نباشد از نظر عرف نقض حکم سابق محسوب شود. لذا در فرضی که عرف شک کرده است که در نجاست آب، تغیر حیثیت تقییدیه است یا تعلیلیه، با این حال حکم به نجاست آب بعد از زوال تغیر را، استمرار همان نجاست سابق می‌داند نه اینکه نجاست جدید باشد و عدم حکم به نجاست آب را نقض نجاست سابق می‌داند. گفتیم در دلیل استصحاب بقای موضوع نیامده است بلکه آنچه در دلیل استصحاب معیار قرار گرفته است عنوان «نقض» است و این عنوان فقط در جایی صادق است که ثبوت حکم استمرار حکم سابق محسوب شود و تفصیل این مطلب در اصول گذشته است.
پس از نظر ما در مورد حیات نباتی و مرگ مغزی، استصحاب ملکیت یا طهارت از این جهت اشکالی ندارد اما متوقف بر اصل پذیرش جریان استصحاب در شبهات حکمیه است که ما نپذیرفته‌ایم اما اگر کسی جریان استصحاب در شبهات حکمیه را بپذیرد مثل مرحوم آخوند یا مرحوم آقای صدر، در این موارد استصحاب جاری خواهد بود.
اما نسبت به سایر اصول باید هر مساله را به طور جداگانه بررسی کرد و ما در اینجا به برخی از احکام اشاره می‌کنیم.
یک) انسان زنده پاک و میت نجس است. کسی که به حیات نباتی دچار شده است نجس است یا پاک؟ استصحاب حیات جاری نیست، اگر استصحاب در شبهات حکمیه را بپذیریم، استصحاب طهارت جاری است و اگر استصحاب در شبهات حکمیه را نپذیریم (مطلقا یا در خصوص موارد شبهات مفهومیه) نوبت به اصل طهارت می‌رسد البته بنابر جریان اصل طهارت در شبهات حکمیه و اگر آن را هم انکار کنیم، مجرای اصل برائت است چه در احکام تکلیفی مثل اصل برائت از وجوب تطهیر ملاقی با بدن آن شخص، و چه در احکام وضعی مثل اصل برائت از اشتراط نماز به تطهیر بدن یا لباس ملاقی با بدن آن شخص (البته بنابر جریان اصل برائت در موارد اقل و اکثر ارتباطی).
دو) مس میت موجب غسل است. آیا مس شخص مبتلا به حیات نباتی موجب غسل است؟ اینجا اصل برائت جاری است بر اساس جریان اصل برائت در شبهات وجوبیه حکمیه که حتی اخباری‌ها هم جریان برائت در آن را قبول دارند و نسبت به احکام وضعی مثل اشتراط صحت نماز به غسل مس میت هم اصل برائت جاری است.
اینکه مس میت بعد از سرد شدن واجب می‌شود و چنین فردی بدنش هنوز گرم است مبتنی بر این است که این نوع گرما را هم برای عدم وجوب غسل کافی بدانیم چون آنچه از ادله استفاده می‌شود این است که با مس در زمان گرمای متصل به احتضار غسل واجب نیست اما این نوع گرما، از ادله استفاده نمی‌شود و لذا شبهه حکمیه وجوب غسل مس میت است و مجرای اصل برائت است.
سه) تجهیز میت واجب است. آیا تجهیز شخص مبتلا به حیات نباتی واجب است؟ اصل برائت وجوب تجهیز را نفی می‌کند، اما نسبت به جواز آن چطور؟ اگر او را در این زمان تجهیز کنند مثلا غسل بدهند، آیا این غسل کفایت می‌کند و صحیح است؟ آنچه صحیح است غسل میت است یعنی کسی که مرده باشد او را غسل بدهند صحیح است و اگر بفهمند در زمان حیات، او را غسل داده‌اند، غسل باطل است. حال آیا غسل این شخص در زمان حیات نباتی، صحیح و مجزی است؟ مطابق جریان برائت در اقل و اکثر ارتباطی، غسل صحیح است. یعنی به وجود تکلیف به غسل معلوم است اما نمی‌دانیم آیا آن تکلیف به زوال حیات نباتی مشروط است یا نه؟ اصل برائت اشتراط را نفی می‌کند. در اصول گفته‌ایم که شک در سقوط در جایی منشأ وجوب احتیاط است که شک ناشی از شبهه مصداقیه امتثال باشد اما در جایی که شک در سقوط تکلیف، ناشی از شک در حدود تکلیف باشد مجرای برائت است نه احتیاط. در جایی که مکلف احتمال می‌دهد تکلیف او چیزی بوده است که با انجام این عمل، ساقط شده است، مجرای اصل برائت از اشتراط است و نتیجه آن کفایت و اِجزاء عمل انجام شده است.